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「職棒球團與棒協的默契，不吸收奧運培訓球員以及24歲以下球員，以致有心進軍職棒的業餘球隊大量壟斷好手，使得4支職棒隊面臨無法補充新血。」這是1992年台灣棒壇的氛圍，也說明了台灣職棒從成立以來，業務上一直與中華棒協有所衝突，兩者之間的恩恩怨怨難以釐清。
中華大聯盟是從中華棒協的體系分割出去的，1990年成立職棒時，中職會長還是棒協理事長唐盼盼，由他進行「一元化」領導。後來因為事權之爭，「一元化領導」也造成職棒與棒協許多不愉快的紛擾，開啟業餘與職棒長年難以真心相待的源頭。
中職的成立與成長，中華棒協做出不少行政支援，包括提供國內最精英的戰將進入職棒體系；隨後在1992年巴塞隆納奧運，中華隊勇奪銀牌，將台灣棒球熱度推向最高峰，直接幫助職棒推行與經營。
然而兩者並非過著快樂幸福的日子。1992年職棒球團發表聯合聲明：「擬甄選40至50名業餘球員，以彌補兵源不足的窘境，並且不排除錄用24歲以下的球員。」職棒不斷衝撞棒協的底線，加上球團反對「棒協建議職業球團成立業餘球隊，或者支援成立青棒。」彼此持續因為球員而發生理念的爭執。
1996年中華隊無法參賽亞特蘭大奧運之後，緊接著中職爆發職棒賭博案，台灣棒壇隨即進入「黑暗期」，縱使一度有2個職棒聯盟也難以拉抬；1998年曼谷亞運是中華隊首度派出職棒球員參賽，結果表現難堪。
直到2001年世界盃棒球賽，中華隊拿下銅牌，進而挽救中職的票房。2002年有王建民參加的釜山亞運會，中華隊榮獲銀牌；2003年中華隊又拿回奧運參賽權，再創台灣棒球的聲譽。中職也享受2、3年的票房回春潮。
這幾年，中華隊的表現與中職的票房逐漸脫勾，主要是中職體質日衰、比賽不獲球迷青睞，球迷反而專注於支持中華隊，使得中職球團老闆愈來愈不支持職棒球員被中華隊徵召，讓中職與棒協「屬性不同、各有立場」的恩怨史再添一筆。